Pflanzliche RNA-Biologie
Dozent:innen: Dr. Stephan Hobe; Univ.-Prof. Dr. Andreas WachterKurzname: 10.026.13-12Ü
Kurs-Nr.: 10.026.13-12Ü
Kurstyp: Übung
Voraussetzungen / Organisatorisches
Blockveranstaltung in der vorlesungsfreien Zeit, 2 Wochen, ganztägig, im Zeitraum vom 22.07.-02.08.2024, Mo.-Fr., 09.00-ca.18.00 Uhr, Biozentrum 2, Hanns-Dieter-Hüschweg 17, Raum 01-803 und Laborräume AG WachterWichtiger Vorsprechungstermin und Platzvergabe: Mi., 26.06.2024, 17.00-18.00 Uhr, digital in MS-Teams
Inhalt
Es werden anhand pflanzlicher Modellsysteme theoretische Grundlagen und physiologische Funktionen diverser RNA-basierter Genregulationsmechanismen vermittelt. Zudem erfolgt eine praktische Anleitung um diese Prozesse unter Verwendung verschiedener molekularbiologischer Techniken zu analysieren. In mehreren experimentellen Strängen werden RNA-basierte Genkontrollmechanismen und verschiedene Analyseverfahren vorgestellt, wie insbesondere: 1) Pflanzliche Riboswitches: Nach Wachstum auf Medien mit unterschiedlichen Thiamin-Gehalten werden die Riboswitch-abhängigen Spleißmuster analysiert. Dazu wird Gesamt-RNA isoliert und in einer Reversen Transkription umgeschrieben, um anschließend die Spleißvarianten über verschiedene PCR-Techniken nachzuweisen und zu quantifizieren. 2) Genkontrolle durch artifizielle microRNAs: Die spezifische Wirkung verschiedener microRNAs wird in stabilen Arabidopsis-Mutanten sowohl auf RNA- als auch auf Proteinebene untersucht. Neben Techniken zur Quantifizierung der RNA-Transkriptmengen werden hierbei auch Proteinmuster über Western Blots erfasst. 3) Auto- und Kreuzregulation spleißregulatorischer Proteine: Die Funktionsweise eines fluoreszenzbasierten Spleißreporters wird anhand transienter Infiltrationsexperimente sowie stabiler Mutantenlinien vermittelt. Die Techniken umfassen die Arbeiten zur transienten Pflanzentransformation über Agrobacterium tumefaciens und die Analyse des Spleißmusters basierend auf Fluoreszenzmessungen aus Extrakten und in vivo Fluoreszenznachweisen. 4) RNA-Abbau über Nonsense-mediated decay (NMD): Anhand von NMD-Mutanten wird die Bedeutung dieses RNA-Degradationsmechanismus für die Regulation der RNA-Gleichgewichtsmengen unter Kontroll- und Stressbedingungen erfasst. Die Experimente umfassen die Stressbehandlung verschiedener Pflanzenmutanten, die Analyse von RNA-Mustern sowie die Untersuchung von NMD-Faktoren. 5) Verwendung von RNA-Editierung um RNA-Protein-Interaktionen nachzuweisen ("TRIBE"-targets of RNA binding proteins identified by editing).Zusätzliche Informationen
Sprachen: deutsch und englischForm der Modulprüfung: Praktikumsprotokoll (60 %); Seminarvortrag (40 %)
Datum der Modulprüfung: Vortrag innerhalb des genannten Veranstaltungszeitraumes; Protokollabgabe spätestens 4 Wochen nach Modulende
Als zusätzliche Studienleistung findet am Ende des Moduls eine Klaussur (60 min) statt, die bestanden werden muss.
Termine
| Datum (Wochentag) | Zeit | Ort |
|---|---|---|
| 26.06.2024 (Mittwoch) | 17:00 - 18:00 | digital in MS-Teams |
| 22.07.2024 (Montag) | 09:00 - 18:00 | Biozentrum 2, Hanns-Dieter-Hüsch-Weg 17, Raum 01-803 und Laborräume AG Wachter |
| 23.07.2024 (Dienstag) | 09:00 - 18:00 | Biozentrum 2, Hanns-Dieter-Hüsch-Weg 17, Raum 01-803 und Laborräume AG Wachter |
| 24.07.2024 (Mittwoch) | 09:00 - 18:00 | Biozentrum 2, Hanns-Dieter-Hüsch-Weg 17, Raum 01-803 und Laborräume AG Wachter |
| 25.07.2024 (Donnerstag) | 09:00 - 18:00 | Biozentrum 2, Hanns-Dieter-Hüsch-Weg 17, Raum 01-803 und Laborräume AG Wachter |
| 26.07.2024 (Freitag) | 09:00 - 18:00 | Biozentrum 2, Hanns-Dieter-Hüsch-Weg 17, Raum 01-803 und Laborräume AG Wachter |
| 29.07.2024 (Montag) | 09:00 - 18:00 | Biozentrum 2, Hanns-Dieter-Hüsch-Weg 17, Raum 01-803 und Laborräume AG Wachter |
| 30.07.2024 (Dienstag) | 09:00 - 18:00 | Biozentrum 2, Hanns-Dieter-Hüsch-Weg 17, Raum 01-803 und Laborräume AG Wachter |
| 31.07.2024 (Mittwoch) | 09:00 - 18:00 | Biozentrum 2, Hanns-Dieter-Hüsch-Weg 17, Raum 01-803 und Laborräume AG Wachter |
| 01.08.2024 (Donnerstag) | 09:00 - 18:00 | Biozentrum 2, Hanns-Dieter-Hüsch-Weg 17, Raum 01-803 und Laborräume AG Wachter |
| 02.08.2024 (Freitag) | 09:00 - 18:00 | Biozentrum 2, Hanns-Dieter-Hüsch-Weg 17, Raum 01-803 und Laborräume AG Wachter |