Werner Ehrhardt erhielt seine Ausbildung zum Barockgeiger bei Franzjosef Maier in Köln und Sigiswald Kuijken in Brüssel, zum Dirigenten bei Karl-Heinz Bloemeke in Detmold. Weitere Studien führten ihn zu Kato Havas, Oxford, und Renate Peter, Köln. 1985-2005 leitete er das Barockorchester Concerto Köln, mit dem er einen charakteristischen Interpretationsstil entwickelte. 2004 gründete er das Orchester l’arte del mondo und wandte sich als freier Dirigent auch traditionellen Orchestern zu. Seither gastierte er mit großem Erfolg bei Orchestern wie dem Staatsorchester Stuttgart, Konzerthausorchester Berlin, Berner Sinfonieorchester oder Stuttgarter Kammerorchester. Er arbeitete mit berühmten Sängerinnen wie Edita Gruberová, Magdalena Kožená, Christine Schäfer oder Simone Kermes, mit Solisten wie Xavier de Maistre, Daniel Hope oder Andreas Scholl. Mehr als 50 CD-Aufnahmen sind unter seiner Leitung entstanden, die vielfach mit Preisen ausgezeichnet wurden.
Maßstäbe setzte er etwa mit seiner Begeisterung für den "Odenwälder Mozart" Joseph Martin Kraus, für Antonio Rosetti oder die Musik der Mannheimer Schule. Auch mit Operneinspielungen konnte er in den letzten Jahren Akzente setzen. Die CD-Reihe Opern aus den Archiven der Welt enthält bereits Ersteinspielungen von Glucks La clemenza di Tito, Mysliveceks Medonte und Salieris Scuola de’ gelosi.